В ритуалите си Свободните Зидари са приели, че масонството е съществувало, когато цар Соломон построява храма в Йерусалим и че дюлгерите, които са построили храма са били организирани в Ложи.
В легендата също се казва, че цар Соломон, наема за строител майстор Хирам от Тир, който управлявал тези ложи като Велик Майстор. Церемониите, обаче са изградени на алегория и символика и историите, които са около сградата на храма очевидно не са буквални или исторически факти, а по-скоро драматични средства за разясняване на принципите на масонството.
Много добронамерени, но заблудени историци са се опитали да докажат, че масонството е пряк наследник или модерна версия на мистериите на класическа Гърция и Рим или е получено от религията на строителите на египетските пирамиди. Други теории смятат, че масонството произлиза от групи пътуващи каменоделци, действащи под папската власт. Трети все още са убедени, че масонството еволюира от Рицарите Тамплиери, които избягали в Шотландия, след като са били преследвани в Европа.
Някои историци дори твърдят, че масонството произлиза по някакъв начин от сянката на загадъчното братство на розенкройцерите, което е съществувало в Европа в началото на 1600 година. Всички тези теории са изследвани многократно, но макар и да остават следи все още не са намерени твърди доказателства, за да им се доверим напълно.
Истинските отговори на въпросите кога, къде и как масонството произлиза са, че ние просто не знаем. Най-ранните доказателства за масонството са много оскъдни и са недостатъчни за да се докаже някоя теория. Общото съгласие между сериозните масонски историци и изследователи е, че масонството е възникнало, или пряко или косвено, от средновековните каменоделците (или оперативни зидари), които са построили големи катедрали и замъци.
Онези, които са наясно с древните занаяти знаят, че има три етапа в развитието на един строител. Каменоделците са се събирали в колиби (хижи – произлиза от англиската дума lodge), за да си починат и нахранят. Тези ложи постепенно не били вече колиби, а места където са се събирали зидарите за да регулират своя занаят. С течение на времето и продължаващите градежи те развили примитивни церемонии за набиране на нови стажанти.
Като каменоделци можели лесно да пътуват в цялата страна от един строителен обект на друг, и като членове на Съюза след като са били приети за чиракуване те са си разменяли лично специална дума, която пътуващ каменоделец можел да използва, когато пристигне на нов обект, за да докаже, че той е добре обучен и е бил член на ложа. В края на краищата било по-лесно да общуват чрез специална дума, за да докажат, че са знаели какво правят и са имали право на заплата, че са прекарали часове в дялкане на блокове от камъни, за да демонстрират уменията си.
Произходът на масонството трябва да се търси в няколко града на Шотландия – Ейчисънс Хейвън, Единбург и Хедингтън през 1599 г. Тогава група местни зидари създават първата ложа с обреди и тайни посвещения, при което се смесва средновековната митология с идеи от Ренесанса, кабалата, алхимията и астрологията. Годината 1599 вероятно не е избрана случайно, защото скоро след нея започва ново столетие, може би възприемано като начало на есхатологична епоха. Отличителна особеност, по които се познават първите масони, са слънчевите часовници, поставени на фасадите на къщите им. В Шотландия, където слънцето е рядък гост, тези часовници нямат практическо, а чисто алегорично приложение. Окултни символи са изобразени и върху запазените надгробни плочи на масоните.
Ние знаем, че в началото на 1600 г. тези оперативни ложи са започнали да признават мъже, които не са имали връзка със строителната гилдия и не са били зидари. Защо това е направено и каква форма на церемония е била използвана не е известно. Тъй като към края на 1600 г. все повече и повече господа са се присъединявали към ложите, постепенно са ги превърнали в ложи на свободни и приети зидари или спекулативни, които вече нямат никаква връзка с каменоделския занаят.
Единственият проблем с тази теория е, че тя се основава единствено на доказателства от Шотландия. Има достатъчно доказателства, от шотландските оперативни ложи, определени по географски единици. Има и изобилие от доказателства, че тези ложи са приемали мъже, които са зидари, но няма доказателства, че са приемали членове различни от почетни зидари, или че те по някакъв начин са променили характера на оперативните ложи. След повече от 100 години търсене в строителните архиви, става ясно, че първите ложи на не-оперативни зидари са се случили в Англия.
Илайъс Ашмол, антиквар и основател на Ашмоловия музей в Оксфордския университет, е записал в дневника си за 1646 г., че е посветен в масон в ложа, която е заседавала в родната къща на баща му в Уорингтън. Той прави подробен списък с имена на присъстващите в дневника си. Всеки един от тях е внимателно изследван и е установено, че никой не е свързан с оперативното зидарство. Ашмол е активен монархист по време на Английската гражданска война и след 1660 година заема различни държавни постове. Става и един от основателите на Кралското дружество.
Тази пълна липса на доказателства за съществуването на оперативни ложи, но наличието на тикива за приети зидари е довело до теорията на непряка връзка между оперативното каменоделство и масонството. Тези, които подкрепят непряката връзка твърдят, че масонството е приведено в битие от група мъже в края на 1500 г. или в началото на 1600 година. Това е било период на големи религиозни и политически вълнения и нетърпимост. Мъжете не са били в състояние да се срещат заедно без различия от политическо и религиозно естество. Противоположните мнения и разделението са предизвикали английската гражданска война от 1642-1646 година. Тези, които подкрепят непряката връзка считаме, че са били мъже, които са желали да насърчават толерантността спомагайки за изграждането на един по-добър свят, в който хора с различни мнения биха могли да съжителстват мирно и да работят заедно за доброто на човечеството. В тези свои времена те са използвали алегория и символика за предаване на своите идеи.
Тъй като тяхната основна идея е била изграждане на по-добро общество те са взаимствали форми и символи от древните строители описани чрез Библията (най-познатата за времето си и използвана книга), където единствената сграда описана с подробности е храмът на цар Соломон. Каменоделските инструменти им служили за знаци и илюстрации, и чрез тях следвали принципите си.
Въпреки, че все още не е възможно да се каже кога, къде и как масонството е произлязло, повечето учени приемат за официална рождена дата на масонството 24 юни 1717 г., когато в лондонската кръчма “Гъската и скарата” вследствие на обединяване на четири ложи е основана Великата ложа на Англия. Според един документ от 1725 г. ложите, обединени от Великата ложа, вече стават 64, от които 50 работят в очертанията на Лондон.
През 1721 г. е издаден кралски устав, който осъжда някои скандални клубове и дружества. Великата ложа на Англия, която си дава сметка, че е заподозряна, бърза да убеди властите, че не ги заплашва с нищо. За да документира всяко свое действие, тя започва да води официални протоколи от заседанието си на 25 ноември 1723 г., когато Велик магистър става крайният привърженик на Хановерската кралска династия граф Далкийт. Същата година се появява прословутата “Конституция”, написана от Джеймс Андерсън. Същата се превръща в настолна книга за английските, а впоследствие и за всички масони. От нея са взети някои от основните правила на Конституциите на сега съществуващите свободнозидарски общности по цял свят.
След разгрома на Стюартите, главният поток на масонското движение се пренасочва от Англия към Франция. За няколко десетилетия са изградени над 600 масонски Ложи, в средите на които се изградили най-големите реформатори на XVIII век – Волтер, Франклин, Кондорсе, Мирабо, Дантон, Робеспиер, Лесинг, Лафайет и много други. Сред тях имало и не малко представители на католичеството, които впоследствие създават протестантското движение вследствие на отлъчванията, предприети от Климент XII и Бенедикт XIV и подкрепени от папската була “Providas”.
Масонството намира особено плодородна почва в Америка. На 4 февруари 1789 г. Джордж Вашингтон е избран за първи американски президент и полага клетва пред Великия магистър на Великата ложа на Ню Йорк Робърт Ливингстън. През 30-те години на XIX в. в САЩ се появява силно антимасонско движение поради разкритията в публикуваната през 1827 г. книга на бившия масон кап. Уилям Морган “Примери за масонството от един от братята, който му посвети тридесет години от живота си” и убийството му за това. Разтурени са над 2000 американски ложи и дори е сформирана антимасонска партия, която намерила място в Сената. По-късно един от нейните членове, бившият масон Милард Филмор, става 13-ти президент на страната. Скоро тази реакция заглъхва.
Масонската символика присъства в много държавни документи на САЩ, включително и върху паричните знаци, като пирамидата, всевиждащото око и логото „Нов световен ред“. През последните десетилетия настъпиха промени в американското масонство, което допусна в редовете си жени и чернокожи. Напоследък броят и влиянието на масоните в САЩ намалява, което съответства на засилващата се криза в традиционните протестантски църкви на САЩ.
Масонството е много популярно и в Русия при управлението на императрица Екатерина II (1762-1796). Но след Френската революция тя преосмисля политиката си в консервативен дух. Започва реакция против одобряваната дотогава от нея рационалистическа френска философия (Волтер и енциклопедистите) и ратува за връщане към православието. От Русия са изгонени всички французи с либерални идеи, въведена е строга цензура върху печатните книги (1792 г), закрити са всички частни печатници (1796 г.). Масонският идеолог Новиков е хвърлен в тъмницата на Шлиселбургската крепост, където престоява пет години (1792-1796).
Нов разцвет руското масонство преживява при владичеството на Александър I (1801-1825 г.). Масоните Р. А. Кошелев и княз А. Н. Голицин спомагат за създаването на Библейско общество, което разпространява техните идеи. На масонството се противопоставя архимандрит Фотий (Спаски). Чрез откритото му разобличаване той успява да наложи закриването на всички масонски ложи (указ от 1 август 1822 г.), да затвори Министерството на духовните работи начело с княз Голицин, да принуди масоните-разложители, дошли от чужбина, да напуснат пределите на Русия. Борбата срещу масонството рязко се засилва след неуспешния опит за преврат на републикански настроените декабристи през 1825 г.
През февруари 1917 г. избухва втора революция в Русия, която сваля царизма. Образувано е Временно правителство. Министър-председателят Керенски още през 1912 г. влиза в масонска ложа, а от 29 члена на неговото правителство 23-ма са масони. Третата революция на болшевишката партия побеждава през ноември с.г. и установява диктатура, която продължава 74 години. След Октомврийската революция масонството в Русия продължава своята дейност относително легално до обявяването му за забранено през 1940 г. В България масонските ложи са забранени през 1941 година със закон, подписан от цар Борис III. Същото е извършено и във всички останали страни от комунистическия лагер след 1944 г. Тези забрани през ХХ в., започнали с поставянето извън закона на масонството в нацистка Германия през 1933 г., вероятно са следствие от антимасонските настроения, които съпътстват развитието на свободното зидарство от началото на неговата официализирана съвременна история през 1717 г.
След 1989 г. масонството в бившите комунистически страни е възстановено и развива активна, предимно благотворителна, дейност. Мнозина от българските политици, бизнесмени и културни дейци членуват в ложи.